員工工資中扣除稅以及社保，在工程項目管理軟件中如果要對這一部分進行管理則需要在生成員工工資之前在工資項目定義中設置好相關的工資項目定義。

在工程項目管理軟件中生成工資表之前需要在員工維護里面設置好員工的“五金基數”，如圖：

在工程項目管理軟件中工資項目定義中設置應納稅所得額公式，如圖：

個人所得稅設置

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在工程項目管理軟件中“個人所得稅”金額由“應納稅所得額”“速算扣除數”“稅率”自動計算。在實發工資公式中可直接扣除“個人所得稅”及“五金基數”，如圖：

工程項目管理軟件中“五金基數”及“個人所得稅”在工資項目定義中設置好之后，在生成工資表時系統會扣除對應金額。如圖：

工程項目管理軟件中如果公司將“社保金額”以及員工“個人所得稅”計入項目成本，則須在系統中將“社保金額”（包括員工自己繳納以及公司繳納的）以及“個人所得稅”做其他費用單，計入項目成本中。如圖：

其他費用單添加完成并付款之后，該項的成本會一其他費用體現在項目成本中，如圖：